(alguns pontos da linha)
Jundiaí 1872, Louveira 1872, Vinhedo 1872, Valinhos 1872, Campinas 1872, Hortolândia 1917, Sumaré 1875, Nova Odessa 1907, Americana 1875, Limeira 1876, Cordeirópolis 1876, Rio Claro 1876
Itirapina 1885, São Carlos 1884, Araraquara 1885, Américo Brasiliense 1892, Bebedouro 1902, Colina 1909, Barretos 1909, Colômbia 1929
(tronco oeste)
Itirapina 1885, Dois Córregos 1886, Pederneiras 1903, Bauru 1910, Marília 1928, Tupã 1941, Dracena 1959, Panorama 1962
(alguns ramais)
Cordeirópolis 1876, Araras 1876, Leme 1877, Pirassununga 1878, Porto Ferreira 1880
Nova Odessa (Recanto) 1916, Santa Bárbara D’Oeste 1917, Piracicaba 1922
Entre 1868 e 1870, com capital de fazendeiros de café, foi organizada a Companhia Paulista de Estradas de Ferro para atender o interior do estado de São Paulo a partir de Jundiaí, onde chegava a linha vindo de Santos da São Paulo Railway. A construção das linhas e do conjunto de oficinas em Jundiaí foi iniciada em 1870.
Em 1872, foi inaugurado seu primeiro trecho, até Campinas. A empresa teve lucros, sem depender do governo, e logo iniciou sua expansão até Rio Claro.
Em 1892, a Companhia Paulista adquiriu as linhas da Estrada de Ferro Rio-Clarense e seguiu até a cidade de Colômbia, na margem do rio Grande, fronteira com Minas Gerais. O tronco oeste da linha chegou até o rio Paraná, passando por Bauru.
Com a aquisição de outras companhias menores, como a Companhia Estrada de Ferro Dourado, a Companhia Paulista teve quase 2000 km de linhas férreas até 1950. Sua maior dificuldade na expansão foi a diferença de bitola nos vários trechos, de 1,60, 1,00 e 0,60 metros, exigindo baldeações de um trem a outro em diversos pontos.
Apesar das dificuldades, a Companhia Paulista implantou inovações na gestão ferroviária, incluindo: locomotivas mais modernas nos vários períodos em que atuou, carros de passageiros mais confortáveis (carro de luxo tipo Pullman, carro restaurante e carro leito), oficinas para construção e montagem de peças, escolas para formação de profissionais, plantio de hortos para obtenção de madeira destinada a dormentes, equipamentos e lenha e, por fim, a eletrificação de linhas. Começou a eletrificar suas linhas em 1919, inaugurando a primeira composição elétrica em 1922.
Para o plantio de hortos, a Companhia Paulista contratou o engenheiro agrônomo Edmundo Navarro de Andrade, que iniciou o cultivo de eucaliptos em Jundiaí no ano de 1903. A partir daí, outros hortos florestais foram criados, como o de Aimorés (Bauru), Bebedouro, Bela Vista (Iperó), Boa Sorte (Restinga), Brasília (Cabrália), Córrego Rico (Jaboticabal), Descalvado, Camaquã (Ipeúna), Guarani (Pradópolis), Loreto (Araras), São Carlos, Sumaré, Mogi Mirim, Tatu (Limeira) e Rio Claro.
O Horto de Rio Claro, atualmente, forma a Floresta Estadual Edmundo Navarro de Andrade e abriga o Museu do Eucalipto.
A partir da década de 1940, a Companhia Paulista começou a perder suas características de empresa ferroviária com boa gestão. Em 1961, o governo paulista passou a ser o seu maior acionista, até que, em 1971, essa companhia fez parte da formação da Fepasa.
