(alguns pontos da linha no estado de São Paulo)
Bauru 1906, Penápolis 1908, Araçatuba 1908, Andradina 1937 (–> Mato Grosso do Sul)
A partir de 1720, houve um ciclo de exploração de minas nos atuais territórios de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, com a fundação de povoados como Cuiabá, Cáceres, Poconé, Corumbá e Coxim. Durante a Guerra do Paraguai (1864-1870), a região se mostrou bastante desprotegida. Invadida por paraguaios, os primeiros soldados brasileiros levaram oito meses para percorrer a distância entre o Rio de Janeiro e a vila de Coxim. Após essa guerra, começaram as discussões para a construção de uma estrada de ferro ligando a região mato-grossense a São Paulo e Rio de Janeiro.
A Estrada de Ferro Noroeste do Brasil partiu de Bauru em 1906. Em 1910, atingiu as margens do rio Paraná, na estação de Jupiá. A travessia era feita por balsas antes da construção da ponte Francisco Sá, sobre esse rio, inaugurada em 1926.
No Mato Grosso do Sul, a Estrada de Ferro Itapura-Corumbá foi iniciada em 1912, entre Jupiá e Porto Esperança, ao sul de Corumbá, completando-se na cidade de Campo Grande em 1914. Logo depois, essa ferrovia foi incorporada pela Estrada de Ferro Noroeste do Brasil.
Um ramal da Estrada de Ferro Sorocabana chegou a Bauru em 1905 e a linha tronco oeste da Companhia Paulista, em 1910. Em 1939, com a construção da grande estação da Noroeste do Brasil naquela cidade, os embarques e desembarques das três companhias ali se concentraram.

Em 1957, a EFNOB passou a fazer parte da Rede Ferroviária Federal S.A. – RFFSA e transportou passageiros até 1995. Em 1996, foi concedida para a empresa Novoeste, para transporte de cargas, e hoje parte de seu patrimônio é da empresa Rumo-ALL.
A Estrada de Ferro Noroeste do Brasil facilitou o povoamento do oeste de São Paulo, que contribuiu com o uso desordenado dos recursos naturais e com a redução dos milhares de indígenas da região a poucas centenas, atualmente reunidas em alguns núcleos formados por grupos de diferentes etnias.