Além dos museus ferroviários, alguns outros museus ocupam edificações de antigas companhias de estradas de ferro. Estas instituições têm a finalidade de salvaguardar seus acervos e de promover a preservação de seus edifícios.
Araçatuba
Museu Histórico e Pedagógico Marechal Cândido Rondon
Rua 15 de Novembro, 247
ocupa antiga casa de engenheiro, de 1921, da Estrada de Ferro Noroeste do Brasil, em conjunto tombado pelo CONDEPHAAT (sua coleção de objetos ferroviários foi destinada ao Museu Moisés Joaquim Rodrigues, que está em processo de organização na mesma cidade)
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Batatais
Museu Histórico e Pedagógico Dr. Washington Luís
Praça Dr. Antônio Teodoro de Lima, s/n
ocupa parte de antiga estação, de 1938, da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro
Chavantes
Museu Histórico de Chavantes Adibe Abdo do Rio
Rua Coronel Júlio Silva, 178
ocupa parte de antiga estação, de 1927, da Estrada de Ferro Sorocabana
Colina
Museu Municipal de Colina
Rua Angelo Martins Tristão, s/n
ocupa antiga estação, da década de 1930, da Companhia Paulista de Estradas de Ferro
Martinópolis
Museu Histórico de Martinópolis
Rua da Estação Ferroviária, s/n
ocupa parte de antiga estação, da década de 1950, da Estrada de Ferro Sorocabana
Rio Claro
Museu do Eucalipto
Avenida Navarro de Andrade, s/n
ocupa construção da década de 1920 que pertenceu ao Serviço Florestal da Companhia Paulista de Estradas de Ferro – Horto de Rio Claro (esse horto constitui, atualmente, a Floresta Estadual Edmundo Navarro de Andrade e foi formado com eucaliptos australianos para abastecer a construção de dormentes de ferrovia e a produção de carvão vegetal)
Santa Cruz do Rio Pardo
Museu Histórico Ernesto Bertoldi
Rua Dr. Francisco de Abreu Sodré, 140
ocupa antiga estação, de 1908, da Estrada de Ferro Sorocabana
Santa Fé do Sul
Museu Histórico Municipal Professor Honório de Souza Carneiro
Avenida Waldemar Lopes Ferraz, s/n
ocupa parte de antiga estação, de 1954, da Estrada de Ferro Araraquara
Santa Rita do Passa Quatro
Museu Histórico e Pedagógico Zequinha de Abreu
Praça Poeta Mário Mattoso, s/n
ocupa antiga estação, de 1899, da Companhia Paulista de Estradas de Ferro, tombada pelo CONDEPHAAT
Santo Anastácio
Museu Histórico Cultural Dr. João Carlos Fairbanks
Praça Francisco Sanches Postigo, s/n
ocupa antiga estação, de 1939, da Estrada de Ferro Sorocabana
Santo André
Museu Castelo
Rua Caminho do Mendes, s/n, Paranapiacaba
ocupa antiga casa de engenheiro, de 1897, da São Paulo Railway, em conjunto tombado pelo CONDEPHAAT e pelo IPHAN
São Carlos
Museu de São Carlos
Praça Antônio Prado, s/n
ocupa parte de antiga estação, da década de 1910, da Companhia Paulista de Estradas de Ferro
São Paulo
Estação Pinacoteca
Largo General Osório, 66
ocupa edifício, de 1914, que abrigou armazéns e escritórios da Estrada de Ferro Sorocabana
Valinhos
Museu Municipal Fotógrafo Haroldo Ângelo Pazinatto
Rua 12 de Outubro, s/n
ocupa antiga estação, de 1913, da Companhia Paulista de Estradas de Ferro, tombada pelo CONDEPHAAT
